Il 21 aprile 1939 viene attivata la nuova stazione di Roma Prenestina, successiva alla precedente che invece era stata inaugurata nel 1887 insieme alla ferrovia Roma-Sulmona-Pescara. La vecchia stazione Prenestina sorgeva in piena campagna e faceva da bivio per la stazione Termini e quella di Portonaccio (oggi Roma Tiburtina). L’attuale fabbricato viaggiatori viene costruito nel 1936–38 e inaugurato, quindi, soltanto nel 1939. La via della stazione Prenestina sarà completata soltanto nel 2006, con la creazione di un parcheggio e di una fermata per gli autobus diretti verso Largo Preneste (213, 312). Oggi alla stazione di Roma Prenestina fermano tutti i treni regionali diretti a Tivoli, Guidonia, Mandela e Avezzano, oltre a un paio di treni diretti a Pescara.